Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 DMAC2-210ENST00000592922 1622 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 Z97205.2-201ENST00000564697 1639 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 DUSP13-214ENST00000607131 1019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 RIC8B-213ENST00000638198 1611 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ATP5J-205ENST00000400094 589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
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