Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TMEM14DP-201ENST00000422205 345 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 ZNF707-203ENST00000442058 562 ntTSL 4 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 BTBD11-201ENST00000280758 5767 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PACS1-203ENST00000524815 628 ntTSL 4 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.91
CCDC87Q9NVE4 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
CCDC87Q9NVE4 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.1 ms