Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 KLC2-201ENST00000316924 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TCOF1Q13428 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 KRBOX4-207ENST00000487081 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 ISG20L2-202ENST00000368219 2310 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 PRCC-201ENST00000271526 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TCOF1Q13428 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
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