Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 HILS1-202ENST00000545329 423 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 DYNC1LI1-204ENST00000432458 1827 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PHYHD1-202ENST00000353176 1374 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 GNAS-212ENST00000371098 1719 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 TUBB6-211ENST00000591208 1492 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXC9P31274 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms