Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CSTB-204ENST00000640406 2354 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CXCL12-206ENST00000395795 404 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89 ms