Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 SPOP-201ENST00000347630 2965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ANKRD23-203ENST00000418232 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 GPS1-208ENST00000578552 1874 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 EIF2B3-210ENST00000620860 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AL591845.1-201ENST00000373137 1838 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AL592424.1-201ENST00000563624 1536 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
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