Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms