Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 C1QTNF1-208ENST00000580474 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC092910.3-201ENST00000484076 969 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TCOF1Q13428 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
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