Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 KCNK3-201ENST00000302909 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 EDN3-205ENST00000395654 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
LIM2P55344 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SEPT8-204ENST00000378699 2289 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
LIM2P55344 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms