Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 FOSL2-201ENST00000264716 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GDF11-201ENST00000257868 8657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 DENND5B-202ENST00000389082 9470 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 INO80C-206ENST00000586489 594 ntTSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GALNT11-205ENST00000430044 2727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
HOXD3P31249 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.9 ms