Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 NIPAL4-201ENST00000311946 3274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC19.33■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 GGT6-204ENST00000574154 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC39Q9UFE4 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms