Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
LIG1P18858 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
LIG1P18858 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 MTDH-201ENST00000336273 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 SPIN3-224ENST00000639583 2245 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ZMYM3-202ENST00000373978 1511 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LIG1P18858 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LIG1P18858 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms