Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ZBTB10-203ENST00000430430 10132 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 S100A6-205ENST00000496817 673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MOB3B-201ENST00000262244 6454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NTRK2-205ENST00000376208 8178 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 RAB37-208ENST00000402449 1560 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
CCDC3Q9BQI4 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.9 ms