Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 COLGALT2-201ENST00000361927 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PCDHA10-201ENST00000307360 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TRIM14-201ENST00000341469 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
VPS39Q96JC1 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms