Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SGK2-207ENST00000426287 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 BNIP3P42-201ENST00000454982 569 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC124067.4-202ENST00000522471 397 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 BNIP3P29-201ENST00000598302 571 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC011447.5-201ENST00000616168 564 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
COL4A3Q01955 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms