Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CD24-204ENST00000619133 2513 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CHMP3Q9Y3E7 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.8 ms