Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TXNDC2-201ENST00000306084 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SDC1P18827 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms