Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
HIF3AQ9Y2N7 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
HIF3AQ9Y2N7 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HIF3AQ9Y2N7 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.4 ms