Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS28Q9UK41 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS28Q9UK41 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS28Q9UK41 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.1 ms