Protein–RNA interactions for Protein: Q9BXA9

SALL3, Sal-like protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,300 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SALL3Q9BXA9 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SALL3Q9BXA9 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC29.2■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
SALL3Q9BXA9 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC29.16■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
SALL3Q9BXA9 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms