Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC28BQ9BUN5 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC28BQ9BUN5 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 135.4 ms