Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQ90

KLHDC3, Kelch domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHDC3Q9BQ90 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
KLHDC3Q9BQ90 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
KLHDC3Q9BQ90 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
KLHDC3Q9BQ90 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70 ms