Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
VPS39Q96JC1 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS39Q96JC1 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 124.5 ms