Protein–RNA interactions for Protein: Q92890

UFD1, Ubiquitin recognition factor in ER-associated degradation protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 307 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UFD1Q92890 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.99
UFD1Q92890 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
UFD1Q92890 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
UFD1Q92890 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms