Protein–RNA interactions for Protein: P55289

CDH12, Cadherin-12, humanhuman

Predictions only

Length 794 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDH12P55289 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CDH12P55289 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CDH12P55289 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CDH12P55289 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CDH12P55289 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH12P55289 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH12P55289 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH12P55289 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH12P55289 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH12P55289 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH12P55289 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH12P55289 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CDH12P55289 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH12P55289 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH12P55289 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH12P55289 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH12P55289 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH12P55289 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH12P55289 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH12P55289 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CDH12P55289 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH12P55289 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH12P55289 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH12P55289 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH12P55289 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH12P55289 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH12P55289 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CDH12P55289 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CDH12P55289 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH12P55289 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH12P55289 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH12P55289 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH12P55289 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH12P55289 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CDH12P55289 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CDH12P55289 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CDH12P55289 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CDH12P55289 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CDH12P55289 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CDH12P55289 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH12P55289 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH12P55289 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH12P55289 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH12P55289 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH12P55289 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH12P55289 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CDH12P55289 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH12P55289 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH12P55289 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH12P55289 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH12P55289 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH12P55289 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH12P55289 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CDH12P55289 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CDH12P55289 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH12P55289 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH12P55289 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH12P55289 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH12P55289 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH12P55289 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH12P55289 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH12P55289 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CDH12P55289 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH12P55289 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH12P55289 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH12P55289 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH12P55289 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH12P55289 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH12P55289 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CDH12P55289 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CDH12P55289 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CDH12P55289 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CDH12P55289 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CDH12P55289 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CDH12P55289 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms