Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
BDNFP23560 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BDNFP23560 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BDNFP23560 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BDNFP23560 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BDNFP23560 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BDNFP23560 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BDNFP23560 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BDNFP23560 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BDNFP23560 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
BDNFP23560 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BDNFP23560 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BDNFP23560 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BDNFP23560 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BDNFP23560 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BDNFP23560 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BDNFP23560 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BDNFP23560 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BDNFP23560 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BDNFP23560 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BDNFP23560 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BDNFP23560 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BDNFP23560 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BDNFP23560 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BDNFP23560 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
BDNFP23560 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
BDNFP23560 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
BDNFP23560 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
BDNFP23560 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
BDNFP23560 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
BDNFP23560 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
BDNFP23560 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
BDNFP23560 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
BDNFP23560 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BDNFP23560 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BDNFP23560 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BDNFP23560 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BDNFP23560 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BDNFP23560 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BDNFP23560 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
BDNFP23560 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BDNFP23560 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
BDNFP23560 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
BDNFP23560 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
BDNFP23560 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
BDNFP23560 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
BDNFP23560 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
BDNFP23560 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
BDNFP23560 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
BDNFP23560 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BDNFP23560 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
BDNFP23560 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BDNFP23560 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BDNFP23560 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BDNFP23560 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
BDNFP23560 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
BDNFP23560 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
BDNFP23560 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BDNFP23560 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BDNFP23560 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
BDNFP23560 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BDNFP23560 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BDNFP23560 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BDNFP23560 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BDNFP23560 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BDNFP23560 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BDNFP23560 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BDNFP23560 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
BDNFP23560 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
BDNFP23560 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
BDNFP23560 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
BDNFP23560 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
BDNFP23560 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
BDNFP23560 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
BDNFP23560 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
BDNFP23560 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
BDNFP23560 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BDNFP23560 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
BDNFP23560 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
BDNFP23560 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.2 ms