Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 DFFA-201ENST00000377036 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VMP1Q96GC9 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 TMUB2-209ENST00000587989 1969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ACE-204ENST00000428043 5120 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ITGAV-201ENST00000261023 7030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 INTS14-209ENST00000567744 2419 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 KCTD7-206ENST00000639828 5951 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VMP1Q96GC9 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.2 ms