Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.78■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC16.77■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 FAM86MP-201ENST00000340703 885 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
COL4A3Q01955 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.8 ms