Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
MSX1P28360 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SLC18B1-201ENST00000275227 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
MSX1P28360 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms