Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 LINC02247-201ENST00000417135 743 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CDCA5-201ENST00000275517 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DHRS1-201ENST00000288111 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SDC1P18827 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms