Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
HOXD4P09016 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RUVBL1-202ENST00000464873 2126 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
HOXD4P09016 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.9 ms