Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 ELK2BP-201ENST00000415014 1224 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
LIMA1Q9UHB6 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
LIMA1Q9UHB6 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms