Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
NPHP3Q7Z494 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 H2AFV-206ENST00000437072 589 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC074044.1-201ENST00000609673 707 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 HAUS4P1-201ENST00000406739 1145 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AL162431.1-201ENST00000434447 543 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 PIGL-212ENST00000581006 554 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
NPHP3Q7Z494 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms