Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CUX1P39880 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CUX1P39880 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
CUX1P39880 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC27.51■■■□□ 2
CUX1P39880 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC27.51■■■□□ 2
CUX1P39880 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
CUX1P39880 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
CUX1P39880 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CUX1P39880 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CUX1P39880 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CUX1P39880 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms