Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 FDX1P1-201ENST00000449115 551 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
LIG1P18858 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms