Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SCARF1-205ENST00000571272 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA7-204ENST00000520817 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.8 ms