Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 AC092364.2-201ENST00000596710 2692 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ITM2C-201ENST00000326407 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC244517.11-201ENST00000624192 573 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 POTEE-204ENST00000613282 1926 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 POTEI-202ENST00000615053 1926 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
VPS29Q9UBQ0 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms