Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TCF7-204ENST00000395029 3330 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.29
COL4A3Q01955 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RABEPK-201ENST00000259460 1313 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 FKBP11-203ENST00000453172 959 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
COL4A3Q01955 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.7 ms