Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL035078.1-201ENST00000531962 820 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 IFNA4-201ENST00000421715 978 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
MSX1P28360 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms