Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 VWF-201ENST00000261405 8838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TAP2-201ENST00000374897 5684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 LRRK1-201ENST00000388948 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 DNM1P51-202ENST00000558801 8752 ntTSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 CLASP2-204ENST00000399362 7282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 DMTN-223ENST00000523782 2235 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
CCDC54Q8NEL0 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.68□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms