Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 IGHV3-71-201ENST00000523324 359 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AC004790.1-201ENST00000612686 536 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 DLG4-202ENST00000399506 3185 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 HIST1H2AB-201ENST00000615868 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 BEND4-203ENST00000611697 1348 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 RELA-227ENST00000615805 2236 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
TCOF1Q13428 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 AL079307.3-201ENST00000556114 283 ntBASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.57
TCOF1Q13428 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms