Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC105021.1-202ENST00000570572 669 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
TRIM28Q13263 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
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