Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 COX11-210ENST00000639671 696 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
CUX1P39880 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 DNAJA4-206ENST00000446172 1399 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CUX1P39880 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 MIR6775-201ENST00000617557 69 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TBXA2R-204ENST00000589966 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CUX1P39880 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
CUX1P39880 UBXN11-205ENST00000374221 1792 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.01
CUX1P39880 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 BUD31-201ENST00000222969 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CUX1P39880 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms