Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
HOXA9P31269 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms