Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ANKS3-201ENST00000304283 2662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC87Q9NVE4 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SNRPB-201ENST00000381342 1154 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PHKG2-201ENST00000328273 1536 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SGO1-201ENST00000263753 2338 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC87Q9NVE4 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms