Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ADAM15-228ENST00000531455 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TK2-207ENST00000544898 3441 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 HTR3E-201ENST00000335304 1912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SERINC2-202ENST00000373710 2146 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
SDC1P18827 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms