Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ADRA1A-204ENST00000380573 2548 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 DNAAF2-202ENST00000406043 2819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
VPS39Q96JC1 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC16.92■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms