Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
CUX1P39880 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
CUX1P39880 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
CUX1P39880 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SOD1-201ENST00000270142 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
CUX1P39880 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AL513303.2-201ENST00000413339 536 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
CUX1P39880 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 DSCR3-202ENST00000398998 988 ntTSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
CUX1P39880 AC092658.1-201ENST00000505836 891 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms