Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CACNA2D4-208ENST00000538027 952 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SPATA20-226ENST00000619622 2769 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 HCK-210ENST00000629881 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC135178.3-201ENST00000583963 531 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 RNF216P1-213ENST00000494947 946 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 BLOC1S3-201ENST00000433642 2601 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL6A1P12109 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.5 ms