Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC099568.2-201ENST00000609194 695 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NCALD-217ENST00000521599 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RNF183-202ENST00000416588 849 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 USH1C-205ENST00000527020 2159 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AP003068.1-201ENST00000528887 544 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
USP54Q70EL1 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms